В 1933 году Матвей Иванович был арестован за невыполнение сельскохозяйственного задания, имущество его было конфисковано, а сам он приговорен к восьми годам заключения. После усиленных хлопот, приговор как неправосудный был отменен, а Матвей Иванович после пятнадцати дней заключения освобожден.
Опрошенные в июле 1937 года свидетели показали, что Матвей Иванович, обсуждая вопрос о закрытии в Нахабино храма, говорил, что если бы он был помоложе, то церкви не удалось бы закрыть, а сейчас, хотя и хотят священник с церковной старостой что-то делать, да побаиваются. Свидетели также показали, что Матвей Иванович говорил будто бы, что советская власть никому не дает свободы, говорят о сталинской конституции, о свободе религии, а сами церковь хотят закрыть.
Матвей Иванович был арестован 7 сентября 1937 года и заключен в Таганскую тюрьму в Москве. Ему исполнилось семьдесят лет; после ареста врач местной больницы, освидетельствовав состояние его здоровья, признал почти полную потерю зрения и старческую дряхлость.